محسن خرامین علامه نائینی در اثر معروف خود «تنبیه‌‎الامه و تنزیه‌المله» در حمایت نظری از اصل تفکیک قوا به عنوان یکی از اصول مطروحه در قانون مشروطیت، در بردا‌شتی متفاوت از تعاریف ابتدایی این مفهوم در غرب می‌نویسد:«از وظایف لازمه سیاست، تجزیه قوای مملکت است که هر یک از شعب نوعیه را در تحت ضابط و قانون صحیح علمی منضبط نموده آن را با مراقبت کامله در عدم تجاوز از وظیفه مقرره به عهده کفایت و درایت مجریین در آن شعبه سپارند.» در ایران مطابق با تعاریف کلاسیک و مدرن سه قوه که در ظاهر واجد کارکردهای سه قوه آمده در اندیشه‌های علوم سیاسی هستند، تشکیلات و کارکردهای مستقلی دارند، اما در عمل یا اختیارات آنها برای اجرای این کارکردها کافی نیست یا نهادهایی کاملا موازی و قدرتمندتر در تمام حوزه‌های سیاسی، اقتصادی، فرهنگی، اجرایی و... وجود دارد که به این قوای اسمی جنبه تشریفاتی می‌بخشد. مراد از تفکیک قوا در ایران صرفا حول دستگاه‌ها و سازمان‌های رسمی و تابعه سه قوه مقننه، مجریه و قضائیه و به‌ویژه نوع رابطه قوه مقننه و قوه مجریه است. در سال‌های اخیر و متاثر از اتفاقات سیاسی و اقتصادی در کشور مرز میان دو قوه مجریه و مقننه کمرنگ‌تر شده است. دولتی‌ها و به‌ویژه معاونت‌های پارلمانی وزارتخانه‌ها و سازمان‌های دولتی در تصمیمات نمایندگان و جهت‌گیری‌های مجلس دخالت مستقیم دارند. در نقطه مقابل نیز نمایندگان و روسای کمیسیون‌ها در انتخاب برخی وزرا و مدیران دولتی و کسب امتیازات با نفوذ و لابی نقش بازی می‌کنند.

غلظت دخالت نمایندگان در چینش مدیران دولتی و اجرایی در استان‌ها بسیار بالاست. برخی نمایندگان کار نمایندگی را به عزل و نصب مدیران شهرستانی و گرفتن نظر مساعد مرکز برای این تغییرات خلاصه می‌کنند. نمایندگان تهران و شهرهای بزرگ نیز بی‌میل به دخالت در نحوه چینش مدیران و اعضای هیئت مدیره بنگاه‌ها و هلدینگ‌های بزرگ اقتصادی نیستند. در بسیاری موارد نمایندگان در نقش مقام ارشد و تصمیم‌گیرنده دولت در استان‌ها ظاهر می‌شوند که به‌صورت جدی و یا طنز از دفتر استانداران به عنوان شعبه‌ای از دفتر نمایندگان مجلس یاد می‌شود. این موضوعات سبب می‌شود نمایندگان به جای تمرکز بر موضوعات کلان و تلاش برای وضع قوانین، بر موضوعات جزیی متمرکز شوند و نظارت و بازخواست دولت جای خود را به انحراف از وظایف نمایندگی و شراکت در رانت‌های توافق شده دهد. نکته جالب اما آن‌که با وجود این حجم از دخالت و نقش نمایندگان در انتخاب مدیران دولتی، نمایندگان هیچ مسئولیتی از بابت عملکرد این مدیران نمی‌پذیرند و در مواقع بحران نیز خیلی زود در مقام طلب‌کار ظاهر می‌شوند و با یقه‌گیری از مدیران، دولت را مقصر مشکلات پیش آمده اعلام می‌کنند. در دو دولت یازدهم و دوازدهم با توجه به مشی میانه و اصطلاحا اعتدالی دولت از همان ابتدا از سوی رئیس جمهور و وزیر کشور تاکید شد که استانداران با نظر مثبت نمایندگان انتخاب شوند و در طول ۷ سال گذشته بارها بر این تعامل و همکاری تاکید شد. این در حالی است که در دولت محمود احمدی‌نژاد به‌ویژه در سال‌های پایانی قویا به استانداران نسبت به همکاری با نمایندگان هشدار داده شده بود. چراغ سبز دولت تدبیر و امید به نمایندگان و در ادامه تشدید دخالت نمایندگان در امورات اجرایی و مدیریتی را نمی‌توان نام «تعامل» بر آن گذاشت، بلکه آنچه هست دخالت یک قوه در کار قوه دیگر بدون پذیرش کوچک‌ترین مسئولیتی است. عکس چنین موضوعی نیز مصداق دارد. در دوره‌هایی که ترکیب سیاسی مجلس و دولت از یک جریان سیاسی واحد باشند این درهم‌تنیدگی بیشتر می‌شود. نتیجه این اتفاق شکل‌گیری اصطلاحی به نام «وکیل‌الدوله» است که برخی نمایندگان مجلس دهم از جنبه استهزا و ضعف با آن خطاب می‌شدند. مع‌الوصف نمایندگان در صف اول اتهام‌زنی به دولت و مقصر تام جلوه دادن آن در بروز مشکلات و بحران‌ها هستند. در مقابل اما موفقیت یا دست‌آوردهای اجرایی و عمرانی به‌ویژه در شهرستان‌ها سعی می‌شود به اسم نماینده تمام شود. بنابراین اگر وکیل‌الدوله اصطلاح و صفت مذمومی است باید در نقطه مقابل سهم‌خواهی نمایندگان نیز کنترل و از دخالت نمایندگان با بهانه تغییر ذائقه مردم در امورات اجرایی و مدیریتی جلوگیری کرد یا حداقل در ازای هر دخالتی مسئولیت آن بخش را بین دو قوه تقسیم کرد. به اتکای همین توضیحات مختصر به‌سادگی می‌توان بر مخدوش بودن اصل تفکیک قوا در ایران ایرادات اساسی گرفت و حتی بر وجود آن در میان سه قوه تردید اساسی وارد دانست، چرا که پیش‌فرض‌های این بحث و زیرساخت‌های آن یا وجود ندارد و تنها تشابهات اسمی در میان است یا اگر تعریف و قانونی وضع شده باز یا ناقص و ناکافی است و یا به آن‌ها عمل نمی‌شود. مقدم بر این ایرادات و ابهامات این سوالات مطرح است که ما در چه مر حله‌ای از دموکراسی به عنوان پیش‌شرط و میدان اجرای تفکیک قوا قرار داریم‌؟ و آیا قوای سه گانه و دستگاه‌های زیرمجموعه آن‌ها در ایران ماهیت و کارکردهای لازم و ملزوم خود را به همراه دارند یا صرفا نام‌ها و عناوین توخالی و وارداتی هستند؟ هدف اصلی از تفکیک قوا به عنوان میراث ماندگار«شارل منتسکیو» و دیگر اندیشمندان این حوزه بیش از هر چیز جلوگیری از تمرکز و تحدید قدرت در دست یک نهاد یا فرد بوده است، اما به‌نظر می‌رسد در ایران منظور و مراد از تفکیک قوا صرفا تقسیم کارها و توزیع وظایف میان قوا و نهادهای وابسته به حکومت است که در این برداشت صرفاً تسهیل در انجام وظایف، مورد توجه و نظر است و این که کارها به صورت تخصصی اداره شده و سامان یابد که در همین مورد نیز کارها به‌سامان نیستند.